Il Palazzo che ospita il Museo corrisponde a un’ala dell’antico Arcivescovado, costruita alla fine del Settecento sulle rovine del preesistente edificio tardo cinquecentesco.

L’area su cui sorgeva l’Episcopio prima del Gran Tremuoto del febbraio 1783 era situata al margine dell’ambito urbano settecentesco, sotto il piano del Castello e a ridosso della cinta muraria che in quel tratto era caratterizzata da un bastione avanzato verso la vallata dove un tempo scorreva l’antico fiume Calopinace.

Con la ricostruzione della Cattedrale, in più parti danneggiata, nell’attuare il progetto redatto dall’ing. Giovambattista Mori venne ridisegnato anche l’Episcopio che dal fronte della nuova piazza dell’Arcivescovado seguiva l’antico tracciato murario definendo al suo interno un’ampia corte.

La parte superstite dell’Episcopio tardo settecentesco, quella che oggi ospita il Museo diocesano, costituisce, pertanto, la memoria (nelle dimensioni e nelle linee architettoniche) dell’impronta neoclassica conferita dal Mori ai più importanti episodi architettonici della città ricostruita.

Sono questi gli ambienti (al pianterreno le antiche scuderie e al primo piano le cucine) sopravvissuti alle distruzioni del terremoto del 1908 e ai bombardamenti del 1943, nei quali, nel corso dei recenti lavori per l’adattamento degli stessi a Museo, oltre alla qualità delle strutture murarie in cui manifesto è il reimpiego di blocchi di pietra di Siracusa provenienti da precedenti strutture, sono stati trovati tratti dell’antica pavimentazione realizzata in quadrelle di ceramica decorata a motivi geometrici colorati, provenienti da Napoli.

Le trasformazioni urbanistiche che, all’indomani del terremoto del 1908, portarono al ridisegno dell’intero complesso della Cattedrale, dell’Episcopio e del Seminario conservarono all’interno del nuovo isolato la permanenza storica: l’antica Cattedrale e la parte gravemente danneggiata dell’Episcopio vennero demoliti e ricostruiti adattandoli ai nuovi allineamenti stradali con il nuovo Duomo più a Sud del precedente sulla piazza più ampia e regolare.

La parte superstite dell’antico Episcopio venne raccordata alla struttura edilizia del nuovo Seminario, ricostruito mantenendo l’allineamento precedente. Permaneva lungo l’attiguo cortile meridionale la vecchia scalinata in pietra da cui si accedeva ai piani superiori e all’antico bastione, ultima permanenza del sistema difensivo delle mura spagnole che cingevano la città seicentesca e, in adiacenza al campanile della nuova Cattedrale, alcuni ambienti che furono destinati al Museo del Duomo.

Nel corso dell’ultimo conflitto bellico, il 5 maggio 1943 un grave bombardamento aereo danneggiava in parte la Cattedrale, con l’incendio della Cappella del SS. Sacramento, arrecando danni notevoli al Seminario. La ricostruzione post bellica determinò una nuova localizzazione del Seminario “Minore”, situato lungo la via Cimino, adiacente alla ricostruita Chiesa degli Ottimati con fronte sulla piazza del Castello, la costruzione del nuovo edificio degli Uffici di Curia, allineati al nuovo Episcopio sulla via Tommaso Campanella (progetto dell’architetto Francesco Albanese) e la demolizione degli ambienti del Museo del Duomo.

Negli anni successivi gli ambienti dell’antico Episcopio ebbero varie destinazioni, fino alla metà degli anni Ottanta del XX secolo, quando, costituendo una delle rare memorie architettoniche della città tardo-settecentesca, si propose di destinarlo ad accogliere il Museo diocesano.

Nel febbraio 1983 l’arcivescovo Aurelio Sorrentino si preoccupò di rendere esecutivo il progetto dell’istituendo Museo diocesano: fu redatto un progetto che prevedeva le opere murarie per recuperare l’antica struttura, le opere impiantistiche, le vetrine e gli arredi, ma le difficoltà finanziarie frenarono l’esecuzione del progetto e ci si limitò ad un intervento di valorizzazione delle sale adiacenti al porticato per destinarle a spazi espositivi.

 Nel 1992 fu redatto un Progetto generale per l’allestimento del Museo diocesano di Reggio Calabria (architetti Salvatore Palmeri e Anna Rita Muscolino): esso, opportunamente finanziato dalla Regione Calabria, prevedeva opere di risanamento della sala espositiva, di ristrutturazione funzionale, di prevenzione incendi, di recupero del porticato, di abbattimento delle barriere architettoniche, di completamento impiantistico.

Si deve nel 2001 all’opera dell’arcivescovo Vittorio Mondello e di mons. Domenico Farias, Vicario per la Cultura, l’impulso a riprendere i lavori per il Museo secondo le indicazioni della Lettera circolare La funzione pastorale dei musei ecclesiastici emanata nel 2001 dalla Pontificia Commissione per i beni culturali della Chiesa.

Il Progetto museografico che ha consentito, entro il 2010, la realizzazione del Museo diocesano è parte di un più ampio intervento denominato Sistema Mu.Di.C. promosso dalla Direzione regionale per i Beni culturali e paesaggistici della Calabria nell’ambito dell’Accordo di Programma Quadro (APQ) del 22/12/2003 “Beni e attività culturali per il territorio della Regione Calabria”.